Son los tres Barrios de indios que lo conforman: Tepito, Tequipeuhcan y Atenantitech, por tanto, su origen es nahuátl y su nombre tiene distintas explicaciones.
Una de ellas nos dice que la palabra Tepiton nos remite a pequeño, pequeñez o poca cosa, un poquito. Otra es que la palabra Tepiton es pequeñito y era el nombre que daban a los penates o dioses domésticos y a los ídolos que los representaban. También esta palabra significa teocal-tepiton: teocalli, templo, tepiton, pequeño; templo pequeño.
En los primeros años de la conquista europea, había un templo pequeño que los indios llamaban Teocal-tepiton y que al paso del tiempo los españoles acabaron por llamar Tepito.
También a Tepito se le conocía como tepisin o tepitoyotl, que significa lugar pequeño al lado del mercado de Tlatelolco, por lo que el nombre de este barrio era porque ahí se establecia un mercado pequeño.
Otra versión de su nombre es la que se dio ahí el 13 de agosto de 1521, cuando el ultimo emperador mexica, Cuauhtémoc hizo sonar por última vez su caracol de guerra llamando a los hijos del sol a la muerte florida. Una placa cerca del atrio de la Conchita señala como el lugar en donde fue hecho prisionero Cuauhtémoc. La voz nahua que registro este hecho pudo ser tequipehuca o lugar donde comenzó nuestra esclavitud; así quienes llamados tepiqueños y de ahí tepiteños.
Otra acepción es que la palabra Tepito remite a pequeño, pero también a marginado, de tal manera que tepitoyotl significa lugar de los pequeños, de los marginados.
Una más, como el pequeño templo se llama San Francisco Tepito, y dado que sus habitantes cariñosamente lo llaman san panchito el pequeño, el pobre, el marginado y este santo patrono, San Francisco de Asis vivió marginado de las cosas materiales de la tierra y dedicado en cuerpo y alma al servicio de Dios, por ello fue conocido también como San Francisco el pobre.
Otra versión sobre el origen de Tepito alude a la forma a las condiciones de marginación de este antiguo barrio, destacando el aspecto de la violencia desde fines del siglo XIX, que lo ha estigmatizado. Este se remite a un dialogo ficticio entre celadores que por lo peligroso de la zona tenían que ponerse de acuerdo previamente a su recorrido, diciéndose: “si pasa algo te pito” y esto a fuerza de repetir esta formula es como forjo su nombre.